Mužský mozog je väčší — má o 4 % viac buniek a o 100 g viac hmoty. V iných kvantitatívnych parametroch vedú ženy. Ženy majú viac dendritických spojení medzi bunkami. Majú aj väčší corpus callosum — útvar spájajúci obe mozgové hemisféry. Vďaka tomu ženy prenášajú signály z jednej pologule mozgu do druhej rýchlejšie ako muži. Dokážu použiť obe hemisféry pri tvorbe jazyka. Muži pre reč využívajú iba dominantnú hemisféru — obvykle je to ľavá. Limbický systém, ktorý je oblasťou aktívnou pri vzniku emócií, je tiež v priemere väčší u žien. Veda tým zdôvodňuje väčšiu citovosť — ale aj väčšiu iracionalitu — žien v porovnaní s mužmi. Ženy sú zraniteľnejšie — častejšie trpia depresiami, častejšie sa pokúšajú o samovraždu. Muži však trikrát častejšie samovraždu dokonajú. Ich prístup k životu je násilnejší — volia agresívnejšie spôsoby samovraždy.
Ako tieto vývojové rozdiely vznikajú? Aspoň sčasti je za ne zodpovedný chromozóm Y. Človek má dvadsaťtri párov chromozómov. Jednu sadu dedí od matky, druhú od otca. Prvých dvadsaťdva párov je rovnakých, chromozómy číslo 1 až 22 máme zdvojené. Dvadsiaty tretí pár sa nazýva pohlavný a kým ženy majú dve kópie rovnakého, tzv. chromozómu X, muži majú jeden chromozóm X a jeden Y. Žena má gény, ktoré sú na chromozóme X, v dvoch kópiách. Muž ich má síce iba v jednej kópii, ale má chromozóm Y — genetický materiál, ktorý žena nemá. Na ňom sa nachádzajú gény pre bielkoviny riadiace vývoj plodu na muža.
Čo všetko sa ukrýva na chromozóme Y — čo muži geneticky majú, čo ženy nemajú? Predovšetkým je tu tzv. gén Sry (sex reversal Y gen — teda gén zmeny pohlavia). Objavili ho v roku 1959 P. A. Jacobs a C. E. Ford.
Kolektív autorov vedený Helenou Skaletskou z Massachusettského technologického inštitútu publikoval v júni 2003 v britskom časopise Nature prácu o štruktúre chromozómu Y. Zistili, že obsahuje zápis pre syntézu minimálne 27 rozličných bielkovín. Tieto bielkoviny možno rozdeliť na dve skupiny. Tie prvé syntetizujú bunky najrozličnejších tkanív mužského tela. Takých dnes poznáme 12. Tie druhé sa nachádzajú výlučne, alebo prevažne v semenníkoch. Zatiaľ je ich identifikovaných 11. O zvyšných 4 zatiaľ nemáme presné informácie.
Úseky chromozómu Y, ktoré kódujú bielkoviny, sú veľmi podobné kódujúcim úsekom na chromozóme X. Podľa predstáv evolučných genetikov sa chromozómy X a Y vyvinuli zo spoločného ancestrálneho nepohlavného chromozómu pred 300 miliónmi rokov. Kódujúce oblasti chromozómu Y rozdelil tím Heleny Skaletskej do troch tried. Prvá z nich — tzv. X–transponovaná oblasť — sa na 99 % zhoduje s chromozómom X. Tu sa nachádzajú gény pre 2 proteíny. V druhej, tzv. X–degenerovanej oblasti sa génové sekvencie zhodujú na 60–96 % s analogickými génmi z chromozómu X. Kódujú 16 rôznych bielkovín. Medzi ne patrí všetkých 12 génov, ktoré sa dajú nájsť v najrôznejších telesných orgánoch, ale iba jediný z 11 špecifických pre semenníky. A tým jediným je práve spomenutý gén Sry. Treťou triedou sú tzv. amplikóny. Tieto oblasti sa vyznačujú tým, že ich veľmi dlhé sekvencie sa opakujú na inom mieste s 99,9 % presnosťou. V amplikónových oblastiach sa nachádzajú gény pre 9 proteínov alebo proteínových skupín. A sú to práve tie, ktoré možno nájsť výlučne, alebo prevažne iba v semenníkoch.
Je fascinujúce, aký minimálny je rozdiel v genetickom kóde ženy a muža. Otázne zostáva napríklad to, či bielkoviny kódované na chromozóme Y, ktoré sú veľmi podobné bielkovinám zapísaným na chromozóme X, majú v organizme odlišnú funkciu. Alebo aj to, do akej miery je pohlavný dimorfizmus ženy a muža spôsobený odlišným genetickým kódom a do akej miery inými vplyvmi — napríklad hormónmi — počas vývoja plodu.
Dnes vieme, že genofond 44 autozomálnych chromozómov a jedného chromozómu X je pripravený na vývoj ženy. Ak ho ako posledný dopĺňa jeden chromozóm Y, plodu sa vyvinú semenníky. A začnú sa tvoriť iné pohlavné hormóny. Testosterón riadi nielen vývoj prvotných a druhotných pohlavných znakov, ale podieľa sa aj na riadení tvorby neuronálnych štruktúr. S trochou zjednodušenia sa dá povedať, že plod má pripravený vývoj ženského mozgu a prítomnosť chromozómu Y spúšťa mechanizmy, ktoré ho modifikujú — nazvime to pomužšťovaním. Spôsob, akým pohlavné hormóny pomáhajú formovať architektúru mozgu, pripomína sochársku prácu. Mozog je vytvorený obrovským množstvom buniek a počas prvých dvoch rokov života sa jeho podoba dokončuje riadeným odumieraním nepotrebných buniek. Pohlavné hormóny spoluurčujú aj tvorbu synáps — funkčných spojení medzi neurónmi.
Vráťme sa ešte k druhotným pohlavným znakom. Na rozdiel od architektúry mozgu ich dokážeme odhadnúť na prvý, prípadne druhý, pozornejší pohľad. Vieme, v akom širokom rozsahu môžu variovať. Z analógie môžeme odvodiť, že
